Madrasah Assakinah pertama kali berdiri pada tahun 2005 dengan segala proses hingga akhirnya memiliki 7 unit sekolah yang bersifat formal maupun nonformal. Yaitu Taud SaQu, RA, MI, MTs, MTs+ Boarding (Ikhwan), MA dan SPKh.

Untuk menjawab tantangan Pembangunan Milenium (Millennium Development Goals), Madrasah Assakinah memiliki konsep yang strategis dalam agenda pendidikan nasional dan penguatan pendidikan karakter yang mengacu pada nilai-nilai Agama Islam (Nilai Religius).

Metode yang cukup besar pengaruhnya dalam mendidik anak adalah metode "Pemberian Contoh dan Keteladanan" yang kemudian dihubungkan dengan suasana yang sangat menyenangkan. Melalui pembentukan lingkungan yang mendukung melalui budaya perilaku keseharian, yaitu budaya GENIUS yang menjadi tagline/ motto Madrasah Assakinah.

GENIUS:

GENerasi Insan Unggul Sakinah Berkarakter SATF.

Model Pendidikan berbasis SATF ini diterapkan dengan tujuan meneladani akhlak Rasulullah agar memiliki karakterdan pembiasaan yang positif adalah dengan menerapkan konsep :

1. Tarbiyah : Learning to Know

2. Riyadhoh : Learning to Do, Learning to Be dan Learning Life Together

Agar dapat menjalankan Konsep Teladan Akhlak Rasulullah, Al Quran dijadikan sebagai acuan karena Al quran merupakan sumber absolut yang memberikan petunjuk jalan yang lurus. Juga Ibadah Shalat Berjamaah menjadi penilaian keberhasilan bagi suatu unit dalam melaksanakan pendidikannya, selain itu dilakukan evaluasi kompetensi santri khusus untuk Bab Thoharoh dan Shalat setiap satu semester sekali di seluruh jenjang dan level dengan mengacu pada Buku Bimbingan Praktek Ibadah yang sudah diterbitkan secara mandiri. Pembiasaan ibadah yang dilakukan pada setiap sholat Dhuha kemudian dilanjutkan dengan Dzikir Asmaul Husna serta Tausiah yang temanya diambil dari masing-masing Asmaul Husna dalam setiap harinya.

1. Sekolah Berbasis Madrasah dinaungi langsung oleh Kemenag & Kemendikbud.
   
2. Tahfidz (Hapalan Al Quran) dengan target minimal 6 Juz selama di Madrasah Assakinah (RA-MI 2 Juz, MTs 2 Juz, MA 2 Juz), dengan standar Tahsin yang sudah mumpuni maka program tahfidz lebih sempurna bacaannya.
   
3. Kurikulum Khas Assakinah dalam Pengembangan Karakter Mengambil Teladan Akhlak Rasulullah SAW dengan model (Siddiq, Amanah, Tabligh, Fathonah).
   
4. Sekolah Ramah Anak (SRA) yang memiliki keunggulan dengan One Roof System School (Sekolah Satu Atap).
   
5. Pembinaan guru berkelanjutan untuk meningkatkan kualitas pendidikan.
   

Karakter Positif sebagai konsep strategis dalam menjawab tantangan Pembangunan Milenium (Milenium Development Goals), dan agenda pendidikan nasional dalam Penguatan Pendidikan Karakter yang sepenuhnya mengacu pada nilai-nilai agama Islam (Nilai Religius) dengan menjadikan Core Values pendidikannya adalah Meneladani Akhlak Rosul SAW. Dasar Konsep Pendidikan ini mengacu pada keyakinan pada sumber Absolut yaitu Al Qur'an yang mana Firman Allah SWT dalam QS: Al-Ahzab Ayat 21: Sesungguhnya telah ada pada (diri) Rasulullah itu suri teladan yang baik bagimu (yaitu) bagi orang yang mengharap (rahmat) Allah dan (kedatangan) hari kiamat dan dia banyak menyebut Allah.

Kami meyakini bahwa metode yang cukup besar pengaruhnya dalam mendidik anak adalah metode pemberian contoh dan keteladanan.

Kemudian Allah SWT telah menunjukkan bahwa contoh keteladanan dari kehidupan Nabi Muhammad SAW adalah mengandung nilai pedagogis bagi manusia (para pengikutnya). Cermin dan model dalam pembentukan kepribadian seorang muslim adalah ketauladanan yang di contohkan oleh Rasulullah. Rasulullah mampu mengekspresikan kebenaran, kebajikan, kelurusan, dan ketinggian pada akhlaknya.

Dengan demikian dalam konsep pendidikan Madrasah Assakinah, pembiasaan Ibadah Shalat Berjamaah menjadi penilaian keberhasilan bagi suatu unit dalam melaksanakan pendidikannya. Selain itu dilakukan evaluasi kompetensi santri khusus untuk Bab Thoharoh dan Shalat setiap satu semester sekali di seluruh jenjang dan level dengan mengacu pada Buku Bimbingan Praktek Ibadah yang sudah diterbitkan secara mandiri. 

Kemudian pembiasaan Ibadah juga dilakukan pada setiap Shalat Dhuha yang dilanjutkan dengan Dzikir Asmaul Husna serta Tausiah yang mengambil tema dari masing-masing Asmaul Husna dalam setiap harinya.

Untuk itu, melalui proses pendidikan yang mengutamakan pembangunan  pendidikan karakter berbasis teladan Akhlak Rosululloh SAW santri dididik untuk mengetahui apa saja sifat dasar Nabi Muhammad SAW merupakan hal yang wajib dilakukan umat Islam agar semakin mengenal sosok Rosul terakhir sekaligus meneladani sifat-sifat mulianya. Adapun sifat-sifat dasar Rosululloh yang utama ada 4, yakni Shiddiq, Amanah, Tabligh dan Fathonah (SATF). Masing-masing mengandung pengertian yang baik sekaligus mampu menjadi petunjuk dalam kehidupan manusia. Dalam membangun sifat Shiddiq sebagai karaker positif teladan Akhlak Rosulullah SAW adalah dengan menerapkan konsep Tarbiyah yaitu sebagai implementasi konsep learning to know dan konsep Riyadhoh sebagai implementasi dari learning to do, learning to be and learning live together. Konsep Tarbiyah yang dimaksud adalah dengan memberikan pengetahuan agar santri memiliki wawasan yang baik, konsep dasar pendidikan berbasis SATF ini dilakukan secara berkelanjutan mulai dari TAUD SaQu,RA, MI, MTs dan MA. 

Sebagai bentuk Quality Assurance dari keberlanjutan program pendidikan karakter ini, maka setiap santri baru pada level tertentu dilakukan matrikulasi materi pendidikan karakter berbasis SATF selama satu semester untuk mempelajari materi pada level sebelumnya. Demikian pula dengan konsep pendidikan melalui Riyadhoh agar pengetahuan yang sudah diberikan dapat menjadi pembiasaan, kemudian dilatihkan agar dapat dijiwai dengan baik sehingga dapat membentuk karakter, hal ini dilakukan melalui pembiasaan, projek kebaikan dan pelatihan-pelatihan berjenjang serta berkelanjutan pada setiap jenjangnya minimal dilakukan 1 semester sekali yang diakhir dengan Pesantren Kelulusan.

Madrasah Assakinah adalah Sekolah Ramah Anak (SRA) dengan keunggulan One Roof System (Sekolah Satu Atap). Madrasah Assakinah memiliki konsep Pendidikan dalam pengembangan karakter dari teladan akhlak Rasulullah SAW yaitu SATF (Shiddiq, Amanah, Tabligh dan Fatonah).